In september 1941 werd J.A. Zwijsen aangeworven als ‘pianist-repetitor’ in de Koninklijke Vlaamse Opera (KVO). Directeur van de KVO was toen Jos Sterkens, vanaf september 1942 Hendrik Diels. Zwijsen is er werkzaam tot aan de bevrijding in september 1944.
Als repetitor stond hij onder meer in voor de voorbereiding van de koren. Zo was hij bijvoorbeeld belast met de koorleiding ter gelegenheid van de uitvoering van de operette Het Land van de Glimlach van Lehar in oktober 1941.
Andere componisten die in diezelfde periode in de KVO werkten waren Jef Maes, eveneens als repetitor, Renaat Veremans en Rudolf Perak als dirigenten. Die laatste twee componisten waren net als J.A. Zwijsen betrokken bij het componeren van de muziek van de eerste Vlaamse films van Jan Vanderheyden.